Universitas ‘Aisyiyah Yogyakarta berhasil meraih nilai B dalam akreditasi Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN PT). Hasil tersebut sesuai dengan keputusan yang dikeluarkan BAN PT nomor: 3566/SK/BAN-PT/Akred/PT/X/2017.
Menurut Rektor UNISA Yogyakarta, Warsiti, S.Kp.,M.kep.,Sp.Mat. Hasil nilai B ini diperoleh berkat kerjasama semua pihak antara lain pimpinan, dosen dan karyawan, mahasiswa, alumni dan para pengguna lulusan. Lebih lanjut Warsiti mengatakan prestasi ini ini menjadi bukti nyata bahwa UNISA Yogyakarta bersungguh-sungguh dalam pengelolaan institusi pendidikan ini dan bertekad menghasilkan lulusan profesional yang dapat menghadapi persaingan global dengan tetap menjunjung tinggi nilai-nilai Qur’ani. Selain itu hal tersebut sebagai salah satu indikator terwujudnya visi UNISA yaitu menjadi universitas berwawasan kesehatan pilihan dan unggul berbasis nilai-nilai Islam Berkemajuan..
UNISA Yogyakarta saat ini memiliki 3 fakultas yaitu fakultas ilmu kesehatan, fakultas ekonomi ilmu sosial dan humaniora dan fakultas sains dan teknologi dengan delapan belas program studi.